南朝齐兰陵人。少举丹阳郡孝廉。宋孝武帝大明五年，助徐爱撰宋之国史。宋明帝即位，使参诏诰，引在左右。历佐诸王府，官至羽林监。入齐，拜武昌太守，不乐。萧鸾(齐明帝)为吴兴太守，巨源作《秋胡诗》，有讥刺语，以事见杀。以才学知名。原有集，已佚。 丘巨源的诗文(2篇)
咏七宝扇诗。南北朝。丘巨源。 妙缟贵东夏，巧技出吴闉。裁状白玉璧，缝似明月轮。表里缕七宝，中衔骇鸡珍。画作景山树，图为河洛神。来延挥握玩，入与镮钏亲。生风长袖际，晞华红粉津。拂盻迎娇意，隐映含歌人。时移务忘故，节改竞存新。卷情随象簟，舒心谢锦茵。厌歇何足道，敬哉先后晨。